Jednym z poważnych zastrzeżeń odnośnie bezpieczeństwa przeglądarek wyposażonych w obsługę WebGL było to, że technologia ta może dawać możliwość ataku typu DoS oraz kradzieży grafiki miedzy domenami – jak ostrzega raport firmy Context (link) z maja 2011. Pierwszy wymieniony problem umożliwia zawieszenie komputera, co nie jest bardzo groźne w przypadku komputerów osobistych – co najwyżej spowoduje, że użytkownik nie będzie odwiedzał strony na której umieszczono szkodliwy kod. Jednak luka umożliwiająca dostęp do zasobów graficznych między rożnymi domenami, otwiera drogę do poważnych nadużyć (link). Autorzy specyfikacji odpowiedzieli na zarzuty opublikowane w raporcie, podając pewne rozwiązania na unikniecie niebezpieczeństwa i obiecując zająć się tymi kwestiami (link).

Zaangażowanie się komercyjnych firm, które są w stanie zainwestować środki finansowe w stworzenie zawartości (ang. content) na daną platformę, daje dwie podstawowe korzyści. Po pierwsze powstaje coś zazwyczaj ciekawego, co ludzie chcą oglądać i dla czego są w stanie ponieść trud instalacji wtyczki na swoim komputerze. A po wtóre, rodzi się rzesza autorów, którzy specjalizują się w danej technologii (także dlatego, że wiedzą, iż będą za to wynagradzani). Tym tropem dochodzimy do sedna tego podrozdziału: jeśli autor stworzy treść na tyle dobrą, że użytkownicy są chętni za nią zapłacić, to prawdopodobnie będzie chciał ją zabezpieczyć – zarówno przed użytkownikami mniej skorymi do zapłaty, jak i przed innymi twórcami, którzy mogliby przywłaszczyć sobie pewne elementy jego dzieła.

Często zatem zdarza się, że firmy wybierają takie oprogramowanie, którego podstawową formą dystrybucji jest skompilowany plik wynikowy (jak na przykład plik swf w przypadku Adobe Flash), unikają natomiast rozwiązań, które dostarczane są pod postacią tekstowego kodu źródłowego (na przykład WebGL lub VRML). Naturalnie, żaden sposób nie zapewnia stuprocentowej ochrony, jednak kod maszynowy jest dużo trudniejszy do rozpracowania, podczas gdy w drugim przypadku jak na dłoni widać od razu wszystkie zastosowane rozwiązania. Jest na to rada w postaci programów szyfrujących kod źródłowy (ang. obfuscators lub scramblers), mogą one jednak obniżać wydajność aplikacji.